Fluggäste fliegen mit der Cubana auf zahlreichen Routen innerhalb und außerhalb Kubas. Zu den Flugzielen gehören der Flughafen in London und der Airport in Paris. Die am meisten geflogenen Strecken sind Flüge nach Europa und nach Nord- und Südamerika. Für Personen mit körperlichen Beeinträchtigungen bietet Cubana einen besonderen medizinischen Betreuungsservice an. Dieser muss bei der Fluggesellschaft vorher reserviert werden. Insgesamt besitzt die Cubana 2013 14 Flugzeuge unterschiedlicher Modelle. Man findet Maschinen von Airbus und Boeing genauso wie das Flugzeug Tupolew 204-100 und Maschinen von Iljuschin. Zwei Frachtmaschinen befinden sich ebenfalls in der Flugzeugflotte der Airline. Diese werden vorrangig von der Tochtergesellschaft Cubana Cargo genutzt. Der International Air Transport Association Code der Cubana lautet CU. CUB ist das ICAO Kürzel der Flugmaschinen.